Вторая фаза христианской философии реализуется в виде схоластики, видевшей свою задачу не в установлении истины (истина считается данной в полном объеме в Священном писании), а в поиске рациональных путей ее изложения и истолкования. Всякое знание, согласно схоластике, имеет два уровня: сверхъестественное знание, даваемое в «откровении» и естественное знание, открываемое разумом. Норму первого содержат тексты Библии и комментарии отцов церкви, норму второго – тексты Аристотеля. Если представители патристики видели свою задачу в создании христианской догматики на основе Священного писания, то усилия схоластов направлены на прояснение и интерпретацию уже получившей к тому времени свою конфигурацию догматики. Их задача состояла в том, чтобы законченный в основных чертах материл обработать и представить в схемах аристотелевской логики. Стремление логически обосновать уже установившиеся положения веры привело к тому, что формальная логика, которая в ту эпоху называлась диалектикой, превратилась в одну из главных философских дисциплин. Как мы уже отметили, поставив в центр внимания рационалистическое доказательство христианских догм, схоластика исходила из того, что Священное писание не подлежит разумному осмыслению, однако авторитет церковной догматики должен быть удостоверен разумом. Речь идет, во-первых, о придании религиозной истине систематической формы при помощи философских методов, во-вторых, об использовании философских аргументов с целью исключить или ослабить критику святых истин. Для чего необходимо выработать такой метод, который, не проповедуя полного пренебрежения к знанию, одновременно был бы в состоянии подчинить рациональное мышление догматам откровения. Способным решить эту нелегкую задачу, по мнению папской курии, мог аристотелизм, правда, предварительно очищенный от всяких «намеков на ошибки». Именно эту задачу ассимиляции аристотелизма и приспособления его к нуждам церковной доктрины осуществил выдающийся философ и богослов, систематизатор ортодоксальной схоластики Фома АКВИНСКИЙ (1225 – 1274).
В основных трудах Аквинского «Сумма теологии» и «Сумма против язычников» подведены итоги теологически-рационалистических поисков зрелой схоластики. При этом автор сумел избежать крайностей как иррационалистического отрицания научного знания в пользу веры, так и рационалистического противопоставления разума и веры как двух независимых друг от друга источников истины («теории двойственной истины»).
В связи с тем, что теология является высшей мудростью, конечный объект которой исключительно Бог как «первопричина» Вселенной, мудростью независимой от всех остальных знаний, Фома не отделяет науку от теологии. В сущности концепция науки Аквината представляла собой идеологическую реакцию на рационалистические тенденции, направленные на освобождение науки от влияния теологии. Можно, правда, сказать, что он обособляет теологию от науки в гносеологическом смысле, то есть считает, что теология черпает свои истины не из философии, тем более не из естествознания, а исключительно из откровения. На этом Фома не мог остановиться, ибо не это требовалось римской курии. Такая точка зрения лишь подтверждала превосходство теологии и ее независимость от других наук, но она не решала самой существенной для того времени задачи, а именно необходимости подчинить теологии, развивающееся научное течение, особенно течение имеющее естественнонаучное ориентацию. Речь шла прежде всего о том, чтобы доказать неавтономность науки, превратить ее в служанку теологии, подчеркнуть, что любая деятельность человека, как теоретическая, так и практическая, исходит в конечном счете из теологии и сводится к ней.
В соответствии с этими требованиями Аквинский вырабатывает теоретические принципы, определяющие генеральную линию церкви по вопросу об отношении теологии и науки.
Область науки и веры у Аквината определены совершенно ясно. Он признает компетентность разума в познании природного мира и задачу науки сводит к объяснению закономерностей мира. Между наукой и верой у него нет противоречия: истина разума стоит ниже истины веры, но разум не противоречит вере, а дополняет ее. Разум и философия суть преамбула веры. Как преамбула веры философия обладает безусловной автономией, ибо ее инструменты и методы не ассимилируемы теологическими инструментами и методами.